Poche sono le notizie sulle sue origini, i primi documenti che ne parlano sono databili 1266 d.C. quando il borgo faceva parte della Comunità di Lecco, ed era alle dipendenze dell'arcivescovo di Milano.In quel periodo esistevano certamente le frazioni di Olino,Fraggio,Frasnida e Medalunga. Secondo molti,probabilmente erroneamente, il nome Morterone è riconducibile al termine latino Mortarium che significa "acque stagnanti" fenomeno difficilmente verificabile in questa zona.

Nel XIII secolo la chiesa di Morterone faceva parte della Pieve di Lecco con quella di Brumano (vedi documento del Prevosto Rattazzi sulla chiesa di Brumano e Morterone) , anche se nel 1600 si era già conquistato una sua autonomia. Sciolta la comunità nel 1815, Morterone rimase comune a sé.

Agli inizi del 1600 il paese registrò 320 abitanti e nel 1647 le frazioni erano: Morterone Centro,Olino,Medalunga,Frasnida,Costa,Zuccaro,Selvano,Fracchio,Pallio e Boaccio. Alla fine del 1700 vennero edificate nelle frazioni di Frasnida e Zuccaro le Piotte,caratteristiche abitazioni con tetti in pietra. Nel 1900 con lo sviluppo dell’industria nel lecchese, contribuì al rifornimento del carbone di legna. In quel periodo si fecero lavori di ristrutturazione, furono edificati il Comune e le attigue aule scolastiche ed inoltre, vennero create molte fontane pubbliche e sistemate le principali strade.
Agli inizi del 1900, soprattutto a causa della mancanza di una rete viaria, il paese iniziò a spopolarsi. Nel 1996 contava 29 abitanti,ora è salito a 33.

I personaggi da ricordare sono Santino Invernizzi (primo sindaco di Morterone nel 1815), Don Piero Arrigoni, parocco a Morterone nel dopo guerra, il quale nascose alcuni partigiani all'arrivo dei tedeschi e la sindaca Mistica Invernizzi,la quale fece approvare ilprogetto per al SP 63,la strada che conduce a Morterone partendo da Ballabio